「太助」と「キャピ子」がシュビビンマンに改造されてしまった亜空魔団との戦いより2年が過ぎたある日。豪徳寺博士から「元の体に戻せる」と言う連絡を受けた「太助」と「キャピ子」は、博士の待つ研究所へと急いでいましたが、その途中で突然謎の敵に襲われます。
からくも敵を倒した二人は街角のスクリーンで「ライオ帝国が地球侵略を開始する」事実を知り、慌てて博士の研究所に向かいますが、既に博士は謎の敵にさらわれてしまった後でした。
博士がいないと元の体に戻れない二人は、博士を救出するため新たな戦いに挑みます。
全8ステージで、「アクションステージ」のほかに「シューティングステージ」があります。
を押すとスタートします。
上下でプレイヤー数を決め、左右で使用するキャラクターを選択してください。
ゲームオーバーになったときに、タイトル画面でそのまま
を押すと、決まった地点からコンティニューができます。
(最初のステージではコンティニューできません)
ボスを倒したり、特定の場所に移動するとステージクリアとなります。
このステージでは特定の敵を倒すとアイテムを落とすことがあります。
落としたアイテムはできるだけ拾っていくとクリアがしやすくなります。

| 1 | ライフ | 2 | 持っているビット数 |
|---|---|---|---|
| 3 | その面のボスのライフ |

| 上撃ち |
|
|---|---|
| シュビビーム |
|
| 協力シュビビーム | 2人プレイ専用技。両方のプレイヤーが |
| 必殺技 | アイテム「ビット」を持っている状態で、 |
| 入り口に入る | 入口前で |
| バッテリー(黒) | ライフが最大まで回復します。 | |
|---|---|---|
| バッテリー(赤) | ライフが少し回復します。 | |
| ビット | 必殺技が使えます。 |